knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX121277.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]  
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M01620

4 Motif M01122

5 Motif M00084

6 Motif M01175

7 Motif PBM0162

8 Motif PBM0145

9 Motif PBM0087

10 Motif M01525

11 Motif M00338

12 Motif M00041

13 Motif M01970

14 Motif M01852

15 Motif M00778

16 Motif M00939

17 Motif M00918

18 Motif M01182

19 Motif M00491

20 Motif M01700

21 Motif M01838

22 Motif M01818

23 Motif M00654

24 Motif M01196

25 Motif M01990

26 Motif M01987

27 Motif M01986

28 Motif M01167

29 Motif M00244

30 Motif M00797

31 Motif M00270

32 Motif MA0100.1

33 Motif M01240

34 Motif PBM0203

35 Motif M00428

36 Motif M00986

37 Motif M01639

38 Motif M01241

39 Motif M00108

40 Motif M01550

41 Motif M01610

42 Motif M01933

43 Motif M00246

44 Motif M00245

45 Motif M01636

46 Motif M01509

47 Motif PBM0132

48 Motif PBM0135

49 Motif M01940

50 Motif M01961

51 Motif M02011

52 Motif PBM0027

53 Motif M01559

54 Motif M01903

55 Motif M01629

56 Motif M01512

57 Motif M01839

58 Motif M00067

59 Motif M01002

60 Motif M00740

61 Motif M00431

62 Motif M01681

63 Motif M00466

64 Motif M01597

65 Motif M00806

66 Motif M00193

67 Motif PBM0191

68 Motif PBM0176

69 Motif M01648

70 Motif M01613

71 Motif M00322

72 Motif M01220

73 Motif M01966

74 Motif M00752

75 Motif PBM0094

76 Motif PBM0130

77 Motif PBM0100

78 Motif M02037

79 Motif M01992

80 Motif M01989

81 Motif M01982

82 Motif M01979

83 Motif M01976

84 Motif M00032

85 Motif M00262

86 Motif M01243

87 Motif M01114

88 Motif M01530

89 Motif M00940

90 Motif M01492

91 Motif PBM0083

92 Motif M01118

93 Motif M00263

94 Motif M01843

95 Motif M01609

96 Motif M00920

97 Motif M00516

98 Motif M00916

99 Motif M01820

100 Motif M00917

101 Motif M00113

102 Motif M00017

103 Motif PBM0198

104 Motif PBM0181

105 Motif M01517

106 Motif PBM0082

107 Motif M01649

108 Motif M01948

109 Motif M01962

110 Motif M01646

111 Motif M00001

112 Motif M00014

113 Motif M01673

114 Motif M01544

115 Motif M01251

116 Motif M01634

117 Motif M00345

118 Motif M01938

119 Motif M01742

120 Motif M00652

121 Motif M00373

122 Motif M00649

123 Motif M01219

124 Motif M00698

125 Motif M00944

126 Motif M01958

127 Motif M01050

128 Motif M01972

129 Motif M00243

130 Motif M01947

131 Motif M00720

132 Motif M00697

133 Motif M00694

134 Motif M00036

135 Motif M01862

136 Motif M01586

137 Motif M00691

138 Motif M00513

139 Motif M01863

140 Motif M01187

141 Motif M01186

142 Motif M00179

143 Motif M00178

144 Motif M01861

145 Motif M00981

146 Motif M00946

147 Motif M00375

148 Motif M00039

149 Motif M00121

150 Motif M00369

151 Motif M01584

152 Motif M01577

153 Motif M00236

154 Motif MA0104.2

155 Motif MA0059.1

156 Motif M01699

157 Motif M00739

158 Motif M00736

159 Motif MA0024.1

160 Motif M00738

161 Motif M00737

162 Motif M00427

163 Motif M00426

164 Motif M00050

165 Motif M00936

166 Motif M01816

167 Motif M00927

168 Motif M01511

169 Motif MA0162.1

170 Motif M01587

171 Motif MA0057.1

172 Motif M01111

173 Motif M00492

174 Motif M01840

175 Motif M01925

176 Motif M01635

177 Motif M01643

178 Motif M00425

179 Motif PBM0172

180 Motif PBM0171

181 Motif M01513

182 Motif M00693

183 Motif M01909

184 Motif M00069

185 Motif MA0117.1

186 Motif M00024

187 Motif M01298

188 Motif M00730

189 Motif M01917

190 Motif M01927

191 Motif PBM0013

192 Motif M01558

193 Motif PBM0200

194 Motif M01793

195 Motif M00796

196 Motif M00945

197 Motif M00371

198 Motif M00370

199 Motif M00220

200 Motif M00660

201 Motif MA0115.1

202 Motif M00512

203 Motif MA0017.1

204 Motif M00158

205 Motif M01198

206 Motif M00765

207 Motif M00763

208 Motif M00762

209 Motif MA0139.1

210 Motif M01200

211 Motif M01035

212 Motif PBM0119

213 Motif M01752

214 Motif MA0138.2

215 Motif M01256

216 Motif M00325

217 Motif M00256

218 Motif M01028

219 Motif M01259

220 Motif M01650

221 Motif M02032

222 Motif M01911

223 Motif M00687

224 Motif M00134

225 Motif M01642

226 Motif M01916

227 Motif M01516

228 Motif M00973

229 Motif M00070

230 Motif M00066

231 Motif M00065

232 Motif MA0091.1

233 Motif M00175

234 Motif M01608

235 Motif MA0007.1

236 Motif M00651

237 Motif M00281

238 Motif M00223

239 Motif M01571

240 Motif PBM0066

241 Motif M01567

242 Motif M01662

243 Motif M00279

244 Motif M00264

245 Motif MA0088.1

246 Motif MA0003.1

247 Motif M00470

248 Motif M00469

249 Motif M00788

250 Motif M00443

251 Motif M01070

252 Motif PBM0156

253 Motif PBM0140

254 Motif M01234

255 Motif M01054

256 Motif M00993

257 Motif M00104

258 Motif M01815

259 Motif M00210

260 Motif M01946

261 Motif M00280

262 Motif MA0069.1

263 Motif M01768

264 Motif MA0058.1

265 Motif M00930

266 Motif M00795

267 Motif M01774

268 Motif PBM0133